未来社会呼唤综合性人才，跨群综合课程中的主题学习、STEM课程是学校课程的亮点。

关于主题学习课程，学校经过综合考量确定了《探索生命的奥秘》《民以食为天》《城市与环境》《创想的天空》四大主题，每学期开展一个主题学习。在《探索生命的奥秘》主题下，一二年级种花、绘制动物卡通画：三四年级开展生命科普绘本漂流阅读、饲养蚕宝宝；五六年级制作家谱、讲述光影里的故事；而七八年级的课题探究更是“脑洞大开”，有预测30年后中国人平均寿命、设计一座敬老院、探访深圳濒危植物等。

STEM课程学校主要采用翻转课堂模式，课前“两包”—任务包和资源包，根据教学目标精选资源，明确任务导向；课堂“三环”—检验反思、展示交流、问题研讨，以深入互动达到深层拓学的目的；当然还少不了智慧校园云平台的支撑。如今，该模式已在学校多个学科推广。两包三环翻转课堂是以生为本、以学定教的课堂，体现了宜然教育顺应本然的思想，在城市中小学具有普适性和可操作性。